Also erstens, steht es Dir völlig frei, zu welchem Flughafen Du fliegen möchtest bei Ankunft und von welchem Du abreisen möchtest ! Das ist international so, vielleicht mal von wenigen Staaten abgesehen die man eh nicht bereisen würde, von wegen politischer Situation oder sonstiger Situation.
Konkret, kannst Du in jedem Reisebüro und auch online einen "Gabelflug" eingeben mit unterschiedlichem Ankunfts- und Startflughafen.
Grundsätzlich würde erst einmal die Möglichkeit bestehen, den gleichen Flughafen zu wählen und stattdessen einen Inlandsflug zusätzlich zu buchen. Die Flugzeit Windhuk- Kapstadt beträgt direkt ca. 2 h, wird überwiegend von Air Namibia und South African abgedeckt, kostet um 200 €. Es gibt ca. 3 Verbindungen pro Tag.
Windhuk wird von verschiedenen Fluggesellschaften angeflogen, soweit ich weiß derzeit Direktflüge nur ab Frankfurt mit AirNamibia und Condor. Mit Zwischenstop gibt es einige Fluggesellschaften, u.a. SouthAfrican, KLM, Quatar. AN ist ein bequemer Nachtflug.
Kapstadt wird direkt von Condor und Lufthansa ab FFM angeflogen, LH auch ab München. Ob es mehr Möglichkeiten gibt weiß ich nicht
ansonsten diverse Fluggesellschaften mit 1 oder 2 Zwischenstops und unterschiedlich langen Verbindungen.
Du solltest die verschiedenen Möglichkeiten durchspielen, z.B. sind wir via Windhuk zu den Victoriafällen geflogen, die günstigste Verbindung war am Ende Air Namibia, nachdem ich einige Zeit die Websiten und Suchmaschinen durchgestöberrt hatte- eine direkte Eingabe aller Flüge hätte mich deutlich mehr gekostet, so das ich am Ende alle Flüge einzeln gebucht habe. Das waren AN bis VictoriaFalls (Zimbabwe), VF-Johannesburg mit SouthAfrican, am Ende Durban-Frankfurt mit Emirates. Letzerer Flug kostete mich 299 €...
Möchtest Du die Strecke nach Ankunft mit Mietwagen fahren, also Kapstadt Windhuk oder umgekehrt, ist das bei den Anbieter die Sitz in beiden Ländern haben, relativ einfach möglich. Du mußt dies bei Buchung angeben, zahlst eine Einweggebühr (um die 300 €) und eine Grenzübertrittgebühr (ca. 50 €). der Grenzübertritt selbst ist relativ problemlos, falls Du noch mit Europa mit Grenzen vertraut bist, ist das Prozedere sehr ähnlich. man fährt halt nicht einfach durch, man muß schon eige Papiere vorlegen udn einige Angaben machen, wofür auch noch gebühren fällig sind an der Grenze direkt.
Anbieter z.B. AVIS, Britz. Es bietet sich evtl. auch ein Dachzeltcamper an, da Du eh einen Mietwagen benötigen würdest und einige Ziele in Namibia nur mit entsprechender Bodenfreiheit gut zu fahren sind und auch viele Zufahrten zu Gästehäusern abenteuerlich sein können. (SUV geht auch, ist aber teuer- ich für meinen teil mag Schotterstrassen nicht mit Polo und Co fahren, aber das ist Geschmackssache. )
Ich würde die Strecke aber nicht komplett mit Mietwagen machen, sondern eher eine Rundreise in Namibia dann mit ein paar Tagen Aufenthalt in Kapstadt kombinieren. Die direkte Strecke ist ca. 1500 km lang und bietet keine besonderen Highlights, lohnt sicher vor allem zur Wildblumenblüte im Namaqualand (und dabei evtl. einen Schwenk in den KgalagadiNationalpark "KTP", Augrabies, Cederberge). In Namibia selbst kommen schnell einige tausend Mietwagen-KM zusammen, will man auch nur einen Teilbereich sehen. das käme dann natürlich auf dein Zeit- und finanziellen Budget an.
Namibia ist derzeit ein Trendreiseziel und viele Unterkünfte muß man lange im voraus buchen, vor allem an touristischen HotSpots.
Vielleicht wäre auch eine ROTEL Reise für Dich interessant oder eine andere Overland Tour, da gibt es auch einige Anbieter.
Rotel hat z.B. eine Afrikatour quasi von Johannesburg, Krüger, Ostküste hinunter bis Kapstadt und dann wieder hoch einmal längs durch Namibia mit am Ende noch Victoriafällen- man ist sicher erschlagen von den vielen Eindrücken, aber warum nicht ? (haben aber auch noch andere Namibia Touren und Südafrika Touren). Billig nicht, aber schon ein besonderes Reiseerlebnis.